W Starostwie Powiatowym w Toruniu funkcjonuje: 8 wydziałów, Powiatowy Rzecznik Konsumentów, Biuro Ochrony Informacji Niejawnych, Biuro Audytu Wewnętrznego, Biuro Radców Prawnych, Biuro ds. kadr, Służba BHP, Archiwum Zakładowe, Wydział Projektów Europejskich, Informacji i Współpracy z Mediami oraz Powiatowy Zespół ds. Orzekania o Niepełnosprawności.
W strukturze Wydziału Organizacyjnego i Spraw Obywatelskich znajduje się Biuro Rady, natomiast w strukturze Wydziału Geodezji i Gospodarki Nieruchomościami wyodrębnione zostały dwa referaty - Referat Geodezji, Ewidencji Gruntów i Budynków, Referat Gospodarki Nieruchomościami oraz Powiatowy Ośrodek Dokumentacji Geodezyjnej i Kartograficznej.
Biuro Ochrony Informacji Niejawnych
Wydział Architektury i Budownictwa
Wydział Komunikacji i Transportu
Wydział Geodezji i Gospodarki Nieruchomościami
Wydział Edukacji, Spraw Społecznych
Wydział Organizacyjny i Spraw Obywatelskich
Wydział Projektów Europejskich, Informacji i Współpracy z Mediami
Powiatowy Rzecznik Konsumentów
Służba Bezpieczeństwa i Higieny Pracy